疾患オントロジーLinked Data(RDF)版のSPARQLエンドポイント
本ページでは「医療情報システムのための医療知識基盤データベース研究開発事業」
で開発された,臨床医学オントロジー CONAND(Clinical Ontology in Anatomaical Structure and Disease)
の疾患オントロジーのLinked Data(RDF)の情報を公開しています.
疾患オントロジーのLinked Data(RDFデータ)へのアクセス方法
臨床医学オントロジー CONANDの疾患オントロジーのLinked Data(RDFデータ)は,以下のSPARQLエンドポイントから取得できます.
SPARQLエンドポイント
http://lod.hozo.jp/endpoint/disease_multi
データモデル
「疾患オントロジー」から「異常状態の因果連鎖」に関する情報のみを抽出してRDF化しています.
本来は,オントロジーですので「クラス(概念)レベル」の情報を表していますが,LODとして利用する際の利便性を考え,全てインスタンス(RDFリソース)の形に変換してあります.
データモデルの概要は,以下の通りです.
- 各疾患はDisease typeのインスタンス,異常状態はAbnormal_State typeのインスタンスとして表現されます.
- 各疾患の因果連鎖を構成する異常状態は,
- - hasCoreState:疾患定義となる因果連鎖に含まれる異常状態
- - hasDerivedState:疾患定義には含まれないが,その疾患に罹患した患者に典型的に見られる異常状態
という2種類のプロパティで表されています.
- 異常状態間の因果関係は,hasCauseおよびhasResultプロパティで表現されています.
- 疾患のis-a関係はsubDiseaseOfプロパティで表されます.(rdfs:subClassOfを用いていない理由は,各疾患や異常状態をインスタンスとすることで,
因果関係の検索・探索を簡単に行えるようにするためです.
オントロジー版ではクラスレベルでのより厳密な定義を提供します)
疾患連鎖の記述例
上記の例では,「疾患」Aとその下位疾患である「疾患B」に含まれる因果連鎖を示しています.
「疾患B」の因果連鎖を取得する場合には,上位疾患である「疾患A」に含まれる因果連鎖を合わせて取得する必要があります.
よって,「疾患B」の因果連鎖を「疾患オントロジーナビゲータ :Disease Compass」の形式で可視化すると下記のようになります.
本データセットの詳細や,SPARQLでの検索例などについては,
こちらの文献をご覧ください.